Monographien (und Dissertation)
Imaginierter Westen. Das Konzept des "deutschen Westraumes" zwischen Politischer Romantik und Nationalsotialismus, Bielefeld 2009
Müller, Thomas: Zwangsarbeit in der Grenzzone. Der Kreis Aachen im Zweiten Weltkrieg, Aachen 2003.
AutorInnenkollektiv für Nestbeschmutzung: Schweigepflicht. Der Fall Schneider und andere Versuche, nationalsozialistische Kontinuitäten in der Wissenschaftsgeschichte aufzudecken. Eine Reportage, Münster 1996.
Artikel
Müller, Thomas/Freund, Wolfgang: Artikel: "Westforschung" und "Westdeutsche Forschungsgemeinschaft" in: Handbuch der völkischen Wissenschaften, hrsg. v. Ingo Haar u. Michael Fahlbusch, Stuttgart 2008;
Müller, Thomas: Die transformierte Westgrenze. Der "deutsche Westraum" als grenzlandpolitisches Konzept, in: Cepl-Kaufmann/Groß, Dominik/Mölich, Georg (Hrsg.): Wissenschaftsgeschichte im Rheinland unter besonderer Berücksichtigung von Raumkonzepten, Kassel 2008, S. 65-74;
Müller, Thomas: Der "Grenzraum" als "Mitte": Grenzübergreifende Identitätspolitik im Städtedreieck Aachen-Maastricht-Liége, in: Monika Gibas u.a.: "Mythen der Mitte". Regionen als nationale Wertezentren, Weimar 2005.
Müller, Thomas: Vom Grenzgängerwesen zur Zwangsarbeit. Der Ausländereinsatz im Aachener Bergbau, in: Klaus Tenfelde u.a.: Zwangsarbeit im Bergwerk. Der Ausländereinsatz im kohlenbergbau des Deutschen Reiches und der besetzten Gebiete im Ersten und Zweiten Weltkrieg, Bd. 1, S. 161-192.
Müller, Thomas: "Außenarbeit im Westen". Eine Denkschrift des SD-Oberabschnitts West zur deutschen Infitrationspolitik in den Benelux-Staaten vor dem Zweiten Weltkrieg (Quellenedition), in: Geschichte im Westen 18 (2003), S. 82-105.
Müller, Thomas: "Ausgangsstellung zum Angriff". Die Westforschung der Technischen Hochschule Aachen, in: Burkhard Dietz u.a.: Griff nach dem Westen. Die "Westforschung" der völkisch-nationalen Wissenschaften zum nordwesteuropäischen Raum (1919-1960), Bd. 2, Münster 2002, S. 819-850.
Müller, Thomas: Die Formierung des "Grenzraumes". Das westpolitische Netzwerk des Reichsinspekteurs und Landeshauptmanns Haake, in: ebd., S. 763-790.
Müller, Thomas: Mikrophysik des Rassismus. Rassistische Formierungsprozesse auf lokaler Ebene. Eine Fallstudie, in: Margret Jäger u.a.: Leben unter Vorbehalt. Institutioneller Rassismus in Deutschland, Duisburg 2002, S. 255-278.
Müller, Thomas: Im konzentrischen Raum. Europa und die Hegemonie der "selbstbewußten Nation", in: Siegfried Jäger u.a.: "Diese Rechte ist immer noch Bestandteil unserer Welt". Aspekte einer neuen Konsernativen Revolution in Europa, Duisburg 2001.
Herausgeberschaften und Editionen
Heinen, Armin/Mai, Vanessa/Müller, Thomas: Szenarien der Zukunft. Technikvisionen und Gesellschaftsentwürfe im Zeitalter globaler Risiken, Berlin 2009
Kerner, Max/Müller, Thomas (Hg.): Gespaltene Welt? Technikzugänge in der Wissensgesellschaft, Köln 2006.