Die Stiftsbibliothek ist mit ca. 240.000 Bänden, über 800 Inkunabeln und über 1200 Handschriften die größte wissenschaftliche Privatbibliothek Österreichs. Zu den ältesten illuminierten Manuskripten zählen die Leopoldsbibel (CCl 1), außerdem das sog. Gebetbuch des heiligen Leopold [...]eine Handschrift mit den Institutiones grammaticae des Priscian aus der 1. Hälfte des 12. Jahrhunderts [...], sowie ein in seiner Provenienz noch strittiges zweibändiges Antiphonar aus der Mitte des 12. Jahrhunderts. Die bekanntesten Handschriften sind die um 1310/15 entstandene zweibändige "Große Klosterneuburger Bibel" (CCl 2 & 3) und ein um 1400 geschriebener Evangelienkommentar mit Miniaturen von Heinrich Aurhaym (CCl 4).