Der Verein wurde im November 2007 an der Humboldt-Universität zu Berlin gegründet. In den Jahren davor waren teils mit finanzieller Förderung der DFG sowie einiger wissenschaftlicher Einrichtungen Projekte wie Clio-online, Zeitgeschichte-online und H-Soz-u-Kult aufgebaut worden, die über die Gründung eines Trägervereins den kooperativen Vorhaben einen neuen rechtlichen Rahmen geben wollten. Zu den Gründungsmitgliedern zählten daher auch Vertreter der Institutionen, die am Aufbau und der Entwicklung der Verbundprojekte beteiligt waren, sowie eine Reihe von Fachwissenschaftler/innen, die in den Fachredaktionen und Herausgeberkollegien der Vorhaben mitwirkten. Gemeinsames Ziel der Gründer/innen war es, mit dem Träger- und Förderverein "Clio-online - Historisches Fachinformationssystem e.V." eine stabile Rechtsform für alle bestehenden und für zukünftige Projekte zu begründen. Im Frühjahr 2008 wurde der Verein durch das Amtsgerichts Charlottenburg unter der Nummer VR 27590 B im Vereinsregister registriert.