Zum Projektverbund Clio-online hatten sich Institutionen und Projekte zusammengeschlossen, die über langjährige Erfahrung in der wissenschaftlichen Arbeit mit elektronischen Medien verfügten. Sie repräsentieren einige der wichtigsten bestehenden Online-Angebote für die Geschichtswissenschaften. Im November 2007 ging der Kooperationsverbund in dem Trägerverein „Clio-online – Historisches Fachinformationssystem e.V.“, an dessen Gründung sich weitere Einrichtungen und Persönlichkeiten beteiligten.