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Der wissenschaftliche Beirat von Clio-online berät die Projektleitung bei ihren Vorhaben. Er begleitet das Projekt mit Vorschlägen und Ideen in seiner langfristigen Ausrichtung, begutachtet einzelne Teilvorhaben und spricht Empfehlungen aus.
Der Clio-online Beirat konstituierte sich am 27. Juni 2005. Ihm gehören folgende Mitglieder an: